La cappella prende il nome dal celebre affresco che Domenico di Bartolo vi realizzò nel 1444, raffigurante la "Madonna della Misericordia", opera rimossa nel 1610 e collocata nella cappella del Sacro Chiodo,detta comunemente Sagrestia Vecchia, dove si trova tuttora. Il locale venne ricavato al piano terreno del duecentesco palazzo del Rettore per ospitare le reliquie orientali giunte a Siena nella seconda metà del XIV secolo. Nel 1357 il Capitolo dello Spedale aveva deciso infatti l'importante acquisto delle reliquie, con relativi reliquiari, provenienti dal palazzo imperiale di Costantinopoli. L'ospedale si era avvalso della intermediazione di alcuni mercanti veneziani ma anche la stessa imperatrice Anna Paleologa riconobbe piangendo l'autenticità delle reliquie acquistate dal Santa Maria della Scala. Si tratta di un nucleo di straordinario valore storico-artistico e documentario ancora oggi di proprietà del Santa Maria della Scala. Le tre campate della Cappella sono suddivise da archi a crociera: nelle prime due verso l'esterno nel 1370 Cristoforo di Bindoccio e Meo di Pero vi affrescarono una "Madonna in trono" e alcuni santi nelle pareti e nei sottarchi (attualmente non visibili in quanto sottoposti a restauro). Nella terza invece, per volontà di Pandolfo Petrucci, signore di Siena, morto nel 1512, l'anno successivo venne arricchita da altre due importanti opere: la lunetta affrescata (parete di fronte all'ingresso) raffigurante "L'incontro alla Porta Aurea" e la tavola con la "Trinità e i Santi Cosma, Giovanni Battista, Giovanni Evangelista e Damiano" (attualmente conservata nella Pinacoteca Nazionale), di Domenico Beccafumi.

Spedale di Santa Maria della Scala